Тухтабаев родился в 1932 году в Узбекистанском районе Ферганской области. В 1949 году окончил Кокандское педагогическое училище, а в 1955 году - Ташкентский государственный университет.

Профессиональную деятельность начал в качестве учителя районной школы Ферганской области, позже работал заведующим учебной частью, директором школы.

Начиная с 1958 года Худайберды Тухтабаев на протяжении 14-ти лет в газетах «Вечерний Ташкент», «Советский Узбекистан» опубликовал более 300 фельетонов. Также печатался в журналах «Гулистан», «Звезда Востока», «Гулхан», «Гунча», «Молодая сила», в печатных изданиях «Молодая гвардия» и «Камалак».

В 1958 году за короткое время в свет вышли книги «Молодая гвардия», «Тайна раскрыта», «Волшебная шапка». Позже появились романы «Оманбай и Давронбай», «Конец жёлтого дива», «Годы и дороги», «Беш болали йигитча», «Касоскорнинг олтин боши», «Сехргарлар жанги ёки ширин ковунлар мамлакатида», «Жаннати одамлар».

Зарубежным читателям Худайберды Тухтабаев известен благодаря переведенной на русский (а также украинский, французский и ряд других языков) повести-сказке «Волшебная шапка».